Pendidikan sebagai salah satu pilar Tri Dharma Perguruan Tinggi dilaksanakan oleh Departemen Parasitologi, Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan melalui kuliah pakar, kegiatan praktikum, dan penyusunan karya tulis ilmiah akhir. Program studi yang diampu oleh Departemen Parasitologi pada program pendidikan pascasarjana yakni:

• S2 Magister Ilmu Biomedik
• S2 Ilmu Kedokteran Tropis

Selain itu, pelaksanaan pendidikan di Departemen Parasitologi juga diperkaya dengan adanya kuliah tamu, staff mobility, seminar, serta pelatihan dan kursus di bidang parasitologi.